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染色質免疫共沉淀（CHIP）
來源：萬物生物 發(fā)布時間：2021-11-02
染色質免疫共沉淀
染色質免疫共沉淀技術（Chromatin Immunoprecipitation，ChIP）是研究體內蛋白質與DNA相互作用的有力工具，通常用于轉錄因子結合位點或組蛋白特異性修飾位點的研究。將ChIP與新一代測序技術相結合的ChIP-Seq技術，能夠高效地在全基因組范圍內檢測與組蛋白、轉錄因子等互作的DNA區(qū)段。
一、ChIP實驗操作流程
1.樣品準備與交聯(lián)
細胞收集后，用1%的formaldehyde處理細胞，交聯(lián)核酸與DNA結合蛋白；
2.超聲打斷染色質
裂解細胞，用超聲波將染色質超聲破碎成200－1000bp片斷；將片段分為兩份，一份用于免疫共沉淀，一份用于對照。
圖1染色質免疫共沉淀實驗流程 圖2 超聲破碎后DNA電泳圖（lane2）
3.免疫共沉淀(IP)
取B步驟所得一份片斷與ChIP特異抗體結合進行免疫共沉淀，利用免疫磁珠法富集抗體復合物。
4.解交聯(lián)及純化DNA
將富集的DNA/蛋白復合物解交聯(lián)釋放DNA片段，并進行純化（IP DNA）；B步驟所得用于對照（Input DNA）的片斷作不進行IP實驗，但也要解交聯(lián)并純化。
5.DNA段PCR擴增
針對ChIP DNA, Input DNA及對照DNA的目的片段設計特異性引物并進行熒光定量PCR擴增。
6.結果分析
%Input=2(CtInput-CtChIP)×Fd×100%
Fold Enrichment = [%(ChIP/Input)] / [%( Negative control/Input)]
應用領域：
? 判斷DNA鏈的某一特定位置組蛋白修飾的類型
? 精確定位RNA polymerase II及其它反式因子在基因組上結合位點
? 組蛋白共價修飾與基因表達的關系的研究
? 轉錄因子結合位點和功能研究
產(chǎn)品優(yōu)勢：
? 檢測覆蓋范圍廣：全基因組范圍內掃描目標區(qū)域；
? 檢測分辨率高：更利于精確定位目標區(qū)域；
? 樣本需要量低：需要的免疫沉淀后的DNA量可低至5-10ng；
? 可靠性好：避免了非特異性雜交，背景低；
? 性價比高：花費較少即可檢測全基因組，獲取準確豐富的信息。
1.基本信息分析
按照標準過濾原則對將raw data過濾成clean data；
raw data及clean data的數(shù)據(jù)量及Q20、Q30統(tǒng)計；
raw data及clean data測序質量分布圖，GC/AT含量分布圖，duplicate rate統(tǒng)計。
2.標準信息分析
比對到參考基因組并統(tǒng)計比對結果（需提供參考基因組信息）；
Peak calling得出Peak region report(CSC bedformat file)；
去除multiple identical序列；
確定轉錄結合位點和組蛋白標記；
Peak相關基因的GO注釋分析；
多個樣本間peak及相關基因的差異分析。
3.高級信息分析
根據(jù)客戶的具體研究目的所開展的深入分析。
樣品要求：
1. 樣品類型：ChIP-DNA；
2. 樣品濃度：≥10 ng/μl；
3. 樣品總量：≥100 ng；單次實驗用量為30ng時實驗的可重復性較好，因此請盡可能提供較多的樣品；若單次ChIP后DNA量不夠，建議將2~3次ChIP的DNA合并在一起；
4. 樣品純度：OD260/280為1.8~2.2；
5.DNA片段大?。悍植荚?00~500bp范圍，且主要片段在～250bp（清晰的電泳圖或2100檢測結果）。
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